藕杭村旧属泰州(海陵郡)管辖,乾隆33年划归东台县,1944年5月,先后隶属兴东县、溱潼县,1948年底解放,1949年5月划归兴化县,1958年10月-1959年2月撤乡并区曾隶属戴南人民公社,后划归唐刘人民公社(乡、镇)。2000年3月,唐刘镇与张郭镇合并为张郭镇。2001年藕池与杭家堡合并为藕杭村。2021年4月张郭镇、茅山镇、戴南镇合并为现在的戴南镇。
藕池原名牛子垛,相传是董永与七仙女的凄美的爱情故事发源地,藕池村庄东北角的牛子垛相传是董永的九十九头牛乐园,牛汪塘里有一尊石牛,七仙女下凡被王母娘娘发现了,派天兵天将把七仙女捉去天庭。七仙女坚决不从,在反抗挣扎的过程中,七仙女的一双鞋子分别掉在了相距藕池村三华里两个不同的地方,遂命名为东鞋庄和西鞋庄。天命难违,在藕池村东南角十华里一条河的桥上,七仙女被迫辞别了董永,后人把那条河叫辞郎河,把那座桥称为辞郎桥。美丽的传说,凄美的爱情是我国人民反封建争自由的见证。
解放后特别是改革开放以来,藕杭发生了翻天覆地的变化,现在藕杭村以高效农业经济为主体,以生态农业为发展方向,村两委班子成员创办兴化市杭池农地股份合作社,建设108栋钢架大棚种植甜瓜。建立60亩果园栽植脆冠梨,带领村民共同致富,村民通过为合作社打工,农地股份分红、土地流转租金等增加家庭收入,从业不离农,打工不出庄,保留村庄人间烟火气。在特色田园乡村创建中,村庄整治没有大拆大建,保持原有村脉,现存保留完好有着里下河独特风貌的古民居13处,有故事的7处古民居部分修缮并修建麻石巷串联起来。